在上古神的影子退去后，微观大学再次恢复了平时的宁静。李晓和赵元却无法像其他同学那样回到正常的学习生活中。他们感受到了更深一层的使命感，他们知道，微观大学被建立在远古神秘力量之上，他们背负的不再仅是知识的传承，还有维护宇宙和谐的责任。
在校长先知亚当斯的指导下，学校成立了一个特别研究小组，由李晓和赵元加入，以研究上古神的力量，并探索与之和谐共存的方法。
研究小组被带到了大学深层的密室中。这里收藏着一系列上古文献和神秘器物。李晓和赵元被分配到了研究上古共鸣器的任务，一种据说能够与上古力量对话的宝贵遗器。这个任务既让他们兴奋又让他们感到忐忑，毕竟这关系到整个微观世界的安危。
他们开始深入研究共鸣器，试图解开上古神力量的秘密。共鸣器显得不同寻常，它的表面镶嵌着璀璨的微观宝石，结构复杂，能量波动不止。
周围的书架紧紧围绕着研究台，散发着古老知识的香气。在泛黄的书页和神秘文字符号中，两人循着微弱的线索逐渐解读共鸣器的用法。
有一天深夜，当两人再次对共鸣器的机能进行调整时，共鸣器发出了轻微的震动声，随之而来的是一道柔和的光芒。整个密室被神秘古老的气息所笼罩。李晓和赵元知道，共鸣器开始发挥作用，他们可能正在与远古神秘力量进行某种形式的沟通。
随着日复一日的尝试，共鸣器开始释放出和谐的能量波动，李晓和赵元隐隐约约感觉到，他们不仅仅在研究上古遗物，更像是在对话过去与未来的交汇点。
当又一次激发共鸣器的测试中，两人感受到了前所未有的宁静与明悟。他们仿佛听到了过去微观世界的呼吸声：昔日的星辰与河流，生命的诞生与消逝。冥冥之中，上古神的意志与他们心灵相通，彼此之间产生了某种难以名状的联系。
通过这段深入的研究，李晓和赵元不仅揭示了共鸣器的部分秘密，更对上古神的内心和微观世界的历史有了更深刻的认识。他们了解到，并非所有的远古力量都是破坏性的，它们中也包含了极为丰富的创造和启迪。
经过了数个月的探索，最后，他们终于发现了共鸣器与上古神的正向沟通方法。向先知亚当斯汇报了这一结果后，整个微观大学都感到了前所未有的震撼和喜悦，整个世界因为他们的探索而变得更加开阔，世界的秘密也在他们的探索下一点一点的揭露于世人的眼光之下，也改变了人类的命运。
李晓和赵元的成就，不仅增加了学术界对远古时代的理解，还开辟了与上古力量合作共生的全新可能性。所有科技和魔法，归根结底，都是宇宙共通的语言，而这两个年轻的探险者，又为远古与当代的对话，添上了新的篇章。