织外还有很多非法组织。
其中最臭名昭著的流放者组织和反抗军派，流放者组织是由触犯法律的垦荒者组成。这些罪犯热衷于抢劫垦荒者。
而反抗军派，则是在联盟成立初期就存在的反联盟组织。反抗军派甚至有着自己的地盘，甚至在早期与联盟发动过大规模战争，不过现在也沦为了生存在阴影中的蝇营狗苟。
除此之外还有以贩卖人体器官牟利的孤羊孤羊组织等等。
除了反人类组织外，众多的邪教也是联盟的敌人，例如倡导人类因顺应自然的灭绝教派、倡导信奉核能的核神教、主张建立独裁社会的三圣教等等。
在联盟建设初期，并没有限制宗教的发展。宗教会给予人精神寄托的力量，在黎明时代对人类的发展起到了不可替代的作用。而造成的结果是邪教泛滥。
即使后来联盟成立了宗教管理局，也难以遏制这些邪教的发展。
而且，邪教比反人类组织更可怕的地方在于，他们的渗透更加隐秘。
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