五十人，中戍驻军三百人，上戍驻军五百人，戍设正副戍将；
镇一级，下镇驻军八百人，中镇驻军一千人，上镇驻军一千两百人，比照国中的鹰扬府，镇设镇将；
而镇之上设军府，一般多为两三千人，还有成规模的胡兵。镇、戍、堡的设置只是根据诸军的多寡，没有直接统属关系。无论是镇、戍还是堡，皆直辖于军府。
至于一些没有官军驻扎，多是百姓自发组织民兵的地方，设置屯。
如此隋军在西域的城池，多成军管，一管军，一管民，方便了守备与开拓。而如此改变，原本的镇数量大为减少，整个天山北麓，只剩下西林、轮南、咸泉、蒲类、金满等几个镇。
此时军府尚只有焉耆一地。